注文を確認するとき

一通り注文を聞いて、内容の確認を終えた後です。
シンプルに「よろしいでしょうか」と聞けば問題ありません。丁寧な表現を意識しすぎて言葉を盛りがちですが、それが良いとは限らない場面もあります。
「よろしかったでしょうか」と過去形のように聞くのは間違った言葉遣いです。これはよく使われているのを耳にしますが、誤りなので気をつけてください。
また、同じく使われがちですが、「お間違いないですか」もお客さんの間違いを指摘するような言葉なので控えましょう。
丁寧に言葉を選んでいるつもりでも、逆効果になることもあるのです。
料理を出すのに時間がかかるとき

時間がかかる料理は事前に目安の時間を伝えましょう。できれば時間がかかる理由を添えることで(一つずつ釜で焼き上げていますので……など)、「それだけ手がこんだ料理を出している」と、良い印象を与えることができます。
すでにいくらか待たせてしまっており、お客さんから「遅いよ」と指摘されることも多々あるでしょう。
ある程度は余裕をもった時間を伝えておきましょう。ギリギリの時間を伝えてしまうと、そこから遅れたときにさらにイライラさせてしまいます。
普段からあらゆる席に目を配って、「遅い」と言われる前にお客さんに声をかけるのが理想ですが、なかなかそう上手くはいきません。時間がかかるメニューのときは、なるべく事前に、余裕を持った時間を伝えましょう。
料理を席に運ぶとき

どちらのフレーズでも構いません。「です」ではなく、さらに丁寧に「ございます」を語尾につけます。2つのうち言いやすいほうを選べばいいですが、「お待たせいたしました」をつけたほうが、よりお客さん目線の言葉づかいなので好印象です。
あと、「こちらがハンバーグになります」という表現はよく耳にしますが、これはNG。「〜になります」は「ネコがタヌキになります」という風に変化を示す言葉なので、よくよく聞くと不自然です。
料理の説明をするとき

コース料理を出している店だと、その料理に使っている食材や、食べ方などを説明する場合があります。
料理の特徴を丸覚えしたような単語のたれ流しは、聞いていて分かりづらいし、説明が長くなって料理も冷めてしまいます。説明はできるだけ短くまとめ、スムーズに。
また、お客さん同士の会話の邪魔にならないように、おしゃべりが途切れたときを見計らって説明に入るようにしましょう。
その2から見始めた方は、その1もありますのでどうぞ。